1903 wurde auf dem Gelände der Betharaba-Stiftung die Tauf- und Beth-Kapelle im Norden an das Haus Betharabe III, ein Krankenhaus, angebaut. Der Grundriß der neugotischen Kirche war nahezu quadratisch mit Apsis nach Norden.

Nach dem 2. Weltkrieg wird die 1949 Kirche wieder aufgebaut und um 3 Fensterachsen nach Süden in das Gebäude Betharabe III verlängert. Der Kirchenraum wird neu gestaltet, eine Orgelempore wird eingezogen. 1950 tagt die Generalsynode der EKD in der Kirche zur „Weißenseer Friedenssynode“, im Mai 1950 wird die Kirche als „Friedenskirche“ wieder eingeweiht. In den folgenden Jahrzehnten finden einige Umbauten statt, die den Charakter der Kirche stark verändern, so z.B. die Zusetzung der 3 Fenster in der Apsis und die massive Verkleidung der Orgelempore.

Ziel der Umgestaltung des Innenraums 2013 war es, der Kirche die ursprüngliche Anmutung der Leichtigkeit und Transparenz wiederzugeben und einen stimmigen Innenraum zu schaffen. Dies beinhaltete folgende Maßnahmen:
- Öffnung und Erneuerung der 3 Fenster in der Apsis,
- Öffnung der Brüstungsfelder der Orgelempore,
- Rückführung auf das Farbkonzept der 50er Jahre in Korrespondenz zu den Bleiverglasungen der Fenster,
- Einbau eines leicht gewölbten Deckenfeldes mit der Integration von direktem und indirektem Licht,
- Erneuerung des Bodenbelags, Behandlung der Wände,
- Ausstattung mit Audio- und Video-Medien auf dem aktuellen Stand der Technik,
- flexible Bestuhlung statt Kirchenbänken.